Лаборатория БОС контролирует качество стоков сбрасываемых промышленными предприятиями в централизованную систему водоотведения, качество стоков поступающих на БОС, технологические параметры процесса очистки на БОС, качество очищенной сточной жидкости на выходе с БОС, качество воды в реке (Кама и Буй) до, после и на месте сброса очищенных сточных вод. Ведется круглосуточный контроль по 44 показателям. Имеется бессрочное санитарно-эпидемиологическое заключение Управления Роспотребнадзора по Республике Башкортостан на производство работ по проведению бактериологических исследований. Химико-бактериологическая лаборатория БОС оснащена необходимыми средствами измерений, испытательным и вспомогательным оборудованием.
    Сегодня усилия аналитического Центра ГУП РБ «Нефтекамскводоканал» направлены не только на обеспечение качества питьевой и сточной вод, но и экологической безопасности.